Ο/Η Διευθυντής/τρια  του σχολείου έχει τη γενική ευθύνη για την ομαλή και αποτελεσματική λειτουργία του σχολείου που προΐσταται.

Η Μαρκαντωνάκη Σοφία ασκεί τα καθήκοντα Διευθύντριας στο Γενικό Λύκειο Λιμένος Χερσονήσου από τον Ιούλιο 2023. Διετέλεσε Υποδιευθύντρια  (2018 – 2023), «Ενδοσχολική  Συντονίστρια  Τάξεων  και Γνωστικών Πεδίων»( 2022 – 2023)   και  «Σύμβουλος Σχολικής Ζωής» (2021-2022) στο  ΓΕΛ Χερσονήσου.
Είναι εκπαιδευτικός του κλάδου ΠΕ02 των Φιλολόγων. Γεννήθηκε στο Ηράκλειο Κρήτης και είναι απόφοιτος της Φιλοσοφικής Σχολής του Πανεπιστημίου Κρήτης. Κατέχει Μεταπτυχιακό τίτλο σπουδών στο Πρόγραμμα «Επιστήμες της Αγωγής» της Σχολής Ανθρωπιστικών σπουδών του ΕΑΠ. Υπηρετεί ως μόνιμη εκπαιδευτικός στη δημόσια εκπαίδευση τα τελευταία 22 έτη. Υπηρέτησε ως Υπεύθυνη Γραφείου Σχολικού Επαγγελματικού Προσανατολισμού στο Ν. Λασιθίου και Ν. Ηρακλείου κατά τα σχολικά έτη 2005 – 2011. Έχει διοργανώσει και συντονίσει Ημερίδες σχετικές με το ΣΕΠ και έχει συμμετάσχει ως εισηγήτρια σε Διημερίδες αλληλοδιδακτικής των φιλολογικών μαθημάτων (ΠΕΚΕΣ ΚΡΗΤΗΣ).

Έχει υλοποιήσει εγκεκριμένα καινοτόμα προγράμματα και Προγράμματα Σταδιοδρομίας και έχει παρακολουθήσει αρκετά επιμορφωτικά προγράμματα σπουδών όπως:
α) Επιμόρφωση των Επιμορφωτών Β΄ στα νέα Προγράμματα Σπουδών του ΙΕΠ στο πλαίσιο της Πράξης «Επιμόρφωση των εκπαιδευτικών στα Προγράμματα Σπουδών και το εκπαιδευτικό υλικό Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης».
β) Ετήσιο επιμορφωτικό πρόγραμμα σπουδών «Συμβουλευτική & Επαγγελματικός Προσανατολισμός» από το Παν/μιο Αιγαίου.
γ) Επιμορφωτικό Πρόγραμμα «Προτάσεις και καλές πρακτικές για την εκπαίδευση των προσφύγων στη Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση» (UNICEF).
δ) Eπιμορφωτικό Πρόγραμμα «Learnin (UNICEF & ΙΕΠ).
ε) «Συμβουλευτικοί Ορίζοντες για τον σχολικό επαγγελματικό προσανατολισμό – ΣΟΣ Προσανατολισμός».